A Divisão de Acompanhamento de Prestação de Contas – DIACON é responsável, principalmente, por acompanhar o recebimento, a aplicação e a prestação de contas dos recursos destinados a programas e projetos da educação municipal, analisar as receitas e despesas e fazer projeções para o exercício em curso e futuros.  Esta divisão também orienta e acompanha as unidades educacionais, por meio das Diretorias Regionais de Educação – DREs, quanto à utilização e prestação de contas dos recursos como o Programa Dinheiro Direto na Escola – PDDE e do Programa de Transferência de Recursos Financeiros – PTRF.

A Divisão de Orçamento Geral e da Alimentação Escolar – DIOR elabora, em conjunto com as demais unidades da Secretaria Municipal de Educação, a Proposta Orçamentária Anual e a proposta de Plano Plurianual da Secretaria, propondo normas e procedimentos a fim de orientar os trabalhos das unidades centrais e regionais. É responsável por acompanhar a execução e modificações do orçamento, realizando o controle da execução orçamentária, analisando pedidos de crédito adicional, de transferência de recursos para realização de obras ou serviços, entre outros, além de fiscalizar e sistematizar informações sobre a aplicação do percentual obrigatório dos recursos públicos municipais na área da educação previsto na Constituição.