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A Secretaria Municipal de Educação está inserida no Programa Transcidadania, ação Intersecretarial da Prefeitura de São Paulo que tem como objetivo elevar a escolaridade, fortalecer as atividades de colocação profissional, promover a reintegração social e resgatar a cidadania para a população LGBTT em situação de vulnerabilidade.

Prêmio de Educação em Direitos Humanos
A iniciativa, que em 2014 chegou à sua 2ª edição, é promovida pela Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania (SMDHC) em parceria com a Secretaria Municipal de Educação (SME) e tem como objetivo reconhecer, valorizar e estimular experiências educacionais que promovam a cultura dos direitos humanos na Rede Municipal de Ensino (RME).

Centro de Educação em Direitos Humanos (CEDH)
Fruto de uma parceria firmada entre a Secretaria Municipal de Educação (SME), a Secretaria Municipal de Direitos Humanos (SMDHC) e a Secretaria de Direitos Humanos da Presidência da República, os CEDHs estão instalados em quatro Centros Educacionais Unificados (CEUs) da cidade (Casa Blanca (zona sul), São Rafael (zona leste), Pêra Marmelo (zona oeste) e Jardim Paulistano (zona norte) de São Paulo para promover uma cultura de cidadania e valorização da diversidade, reduzindo as manifestações de discriminação de todas as naturezas.

Aperfeiçoamentos em Educação em Direitos Humanos
A Universidade Federal do ABC (UFABC), em parceria com as secretarias municipais de Direitos Humanos e Cidadania (SMDHC) e de Educação (SME), ofereceu aos educadores da rede municipal de ensino mil vagas nos cursos Gênero e Diversidade na Escola (GDE) e Educação em Direitos Humanos (EDH). Os cursos, em nível de Aperfeiçoamento, têm carga horária de 180 horas e são oferecidos na modalidade semi-presencial. As atividades presenciais serão realizadas em 10 polos da Universidade Aberta do Brasil (UAB) localizados em CEUs Vila do Sol, São Rafael, Paraisópolis, Três Lagos, Parelheiros, Navegantes, São Mateus, Azul da Cor do Mar, Perus e Butantã.